A Apae Goiânia estabelece ainda parceria com empresas que colaboram financiando projetos específicos da instituição e assim recebe recursos oriundos do poder público e/ou da iniciativa privada.
Em 2022 a instituição foi contemplada com a aprovação de um projeto por meio do PRONAS - Programa Nacional de Apoio à Atenção da Saúde da Pessoa com Deficiência - PRONAS/PCD, que tem como objetivo captar recursos para estimular e desenvolver a prevenção e a reabilitação da pessoa com deficiência, financia projetos de ONGS e instituições, tendo como doadores pessoas físicas e jurídicas que podem deduzir até 1% do Imposto de Renda.  
O projeto Ampliação do serviço de saúde em Reabilitação e Habilitação da pessoa com deficiência da APAE  Goiânia foi aprovado pelo PRONAS no ano de 2022 e tem como objetivo ampliar o quantitativo de pessoas com deficiência intelectual e/ou múltiplas atendidas e o número de atendimentos oferecidos em reabilitação física e intelectual pelo Centro Especializado em Reabilitação - CER II da APAE de Goiânia. 
A execução desse projeto está sendo viabilizada graças ao apoio concedido pelas empresas: